Els orígens es remunten al segle XVI, aproximadament, quan Brasil estava sota el domini dePortugal. Les seves arrels venen del país africà d'Angola, on els negres feien balls amb música. Degut a l'esclavitud, la població africana portada al Brasil va necessitar camuflar aquest art marcial fent-lo semblar un ball, ja que els portuguesos els prohibien lluitar o practicar qualsevol tipus d'esport.

Els negres es reunien als campaments per practicar la capoeira que els servia per varies coses: per descarregar tensions, per mantenir-se en bona forma física, per poder defendre's i, simplement, per seguir mantenint els seus costums. Hi va haver grups de negres que es van escapar dels assentaments i s'establiren en diferents agrupacions. Aquestes agrupacions eren definides per Portugal com "Quilombos". El principal d'aquests agrupaments es deia macaco que deriva de la paraula que significa mico en portuguès.

La Capoeira va estar prohibida al Brasil fins que el 1930 el mestre Bimba es va presentar davant de Getulio Vargas, president del Brasil, i li va ensenyar el seu art, així va ser que el president va declarar la capoeira com a esport nacional brasiler.